จูหยุ่นเหวินรัชทายาทที่จูหยวนจางทรงแต่งตั้งได้ขึ้นครองราชย์เมื่อค.ศ.1399 มีชื่อรัชสมัยว่า  เจี้ยนเหวิน  ความจริง ตอนปลายพระชนม์ชีพ จูหยวนจางก็พอจะคาดการณ์ได้ว่า   บรรดาโอรสของพระองค์คงจะไม่ยอมรับรัชทายาทที่พระองค์ตั้งขึ้นนี้ เมื่อใกล้จะสิ้นพระชนม์จึงได้มีพระราชโองการห้ามไม่ให้โอรสของพระองค์คนใดเดินทางมาร่วมพระราชพิธีศพของพระองค์ในเมืองหนานจิง  แต่เอี้ยนหวางไม่ยอมปฏิบัติตาม  โดยอ้างว่าพระราชโองการดังกล่าวเป็นของปลอม   ได้ออกเดินทางตรงมายังเมืองหลวงหนานจิง ในทันทีที่จูหยวนจางสิ้นพระชนม์  แต่ก็ถูกยับยั้งโดยพระราชโองการของจักรพรรดิองค์ใหม่    โดยจักรพรรดิองค์ใหม่ได้ส่งกองทัพมาสกัดกั้นไว้  เอี้ยนหวางจึงจำเป็นต้องถอยทัพกลับไปตั้งหลักที่ปักกิ่ง ซึ่งเป็นฐานที่มั่นของตน 

ในปีแรกที่ครองราชย์นี้เอง  จักรพรรดิเจี้ยนเหวินได้สั่งย้ายพระปิตุลาของพระองค์หลายองค์  ออกจากท้องที่ที่เคยประทับอยู่เดิม และระงับไม่ให้มีกำลังทหารอยู่ในบังคับบัญชาด้วย   จากนั้นก็เตรียมที่จะถอดเอี้ยนหวางออกจากตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพภาคเหนือ  แต่เอี้ยนหวางตระเตรียมกำลังรบไว้พร้อมแล้ว และบรรดาแม่ทัพนายกองก็ล้วนแล้วแต่แสดงความจงรักภักดีอย่างพร้อมเพรียง   เอี้ยนหวางจึงยกทัพจากปักกิ่งลงมายังเมืองหลวงหนานจิง    สงครามกลางเมืองระหว่างอากับหลานซึ่งเป็นศึกชิงราชสมบัติจึงเกิดขึ้นและดำเนินติดต่อกันมาเป็นเวลา 4 ปี   ผลที่สุด   กองทัพเอี้ยนหวางก็ได้รุกเข้าเมืองหลวงหนานจิง    เมื่อกำลังทหารของเอี้ยนหวางบุกเข้าไปในวังหลวง ก็เกิดเพลิงไหม้ขึ้น   และจักรพรรดิเจี้ยนเหวินหายสาบสูญไป   ในตอนแรก   ผู้คนทั้งหลายสันนิษฐานกันว่า   จักรพรรดิเจี้ยนเหวินถูกไฟคลอกสิ้นพระชนม์   แต่เมื่อไฟมอดแล้ว  ก็ไม่มีผู้ใดพบพระศพ   

เอี้ยนหวางขึ้นครองราชย์ในปีค.ศ. 1403 โดยมีชื่อรัชสมัยว่า หย่งเล่อ  ผลงานสำคัญและยิ่งใหญ่ของจักรพรรดิหย่งเล่อในช่วงแรก ได้แก่ การสร้างเมืองหลวงขึ้นใหม่ที่ปักกิ่ง  นับแต่เมื่อขึ้นครองราชย์ จักรพรรดิหย่งเล่อก็ได้ระดมช่างฝีมือจากทั่วราชอาณาจักรกว่าสองแสนคน รวมทั้งคนงานอีกกว่าหนึ่งล้านคน เพื่อสร้างเมืองหลวงแห่งใหม่ที่ปักกิ่ง ซึ่งเดิมเคยเป็นฐานที่มั่นของพระองค์   ปักกิ่งยังเคยเป็นเมืองหลวงของรัฐเอี้ยนในยุคจั้นกว๋อ   ภายหลัง เมื่อชนเผ่ามองโกลพิชิตราชวงศ์ซ่ง ก็ได้ตั้งเมืองหลวงอยู่ที่ปักกิ่ง โดยมีชื่อเรียกว่า ต้าตู  

การสร้างเมืองหลวงแห่งใหม่ของราชวงศ์หมิงใช้เวลาประมาณ 15 ปีจึงสำเร็จ    เมืองหลวงแห่งใหม่นี้นอกจากมีกำแพงเมืองด้านนอกโดยรอบแล้ว ยังมีกำแพงด้านในและคูน้ำล้อมรอบพระราชวังอีกด้วย   พระราชวังมีความวิจิตรตระการตา ถึงแม้เวลาจะล่วงมาถึงกว่า 600 ปีแล้ว  พระราชวังแห่งนี้ก็ยังนับได้ว่าเป็นอนุสาวรีย์แห่งสถาปัตยกรรมสมัยราชวงศ์หมิงที่ยากจะหาสิ่งปลูกสร้างใดมาเทียบเคียงได้ ทั้งในความวิจิตรตระการตาและสง่างาม   สิ่งปลูกสร้างที่มีความสำคัญอีกสิ่งหนึ่งในรัชสมัยหย่งเล่อได้แก่ เทียนถัน   สถานที่ศักดิ์สิทธิ์สำหรับองค์จักรพรรดิใช้เป็นที่บวงสรวงฟ้า  เพื่อให้ฝนตกตามฤดูกาล และการเก็บเกี่ยวพืชผลมีความอุดมสมบูรณ์ เทียนถันมีอาณาบริเวณถึงสี่แสนตารางเมตร นับเป็นผลสำเร็จทางสถาปัตยกรรมที่ยิ่งใหญ่อีกแห่งหนึ่ง เป็นที่ยกย่องกันว่า การก่อสร้างหอฟ้าแห่งนี้ได้ใช้หลักวิทยาศาสตร์ได้ดีเยี่ยม  สิ่งปลูกสร้างก็มีสัดส่วนที่เหมาะเจาะสมดุลกัน  ภายในตัวตำหนักที่สร้างเป็นรูปศาลาใหญ่  ได้ใช้เสาใหญ่ถึง 28 ต้นค้ำ  นับเป็นเทคนิคการก่อสร้างที่ล้ำหน้ายุคสมัยของต้นราชวงศ์หมิงอย่างแท้จริง 

เมื่อสร้างปักกิ่งให้เป็นเมืองหลวงเสร็จเรียบร้อยแล้ว   จักรพรรดิหย่งเล่อก็ย้ายราชธานีจากหนานจิงมายังปักกิ่ง  สาเหตุที่จักรพรรดิหย่งเล่อตัดสินพระทัยตั้งเมืองหลวงที่ปักกิ่งนั้น เป็นเพราะว่า  ปักกิ่งเป็นปราการที่สำคัญที่สุดของพระองค์ในการป้องกันการรุกรานจากชนเผ่าทางภาคเหนือที่มักจะยกกำลังรุกลงมาทางใต้   จักรพรรดิหย่งเล่อจึงทรงเชื่อว่า  ปักกิ่งเป็นเมืองที่สำคัญที่สุดในการใช้เป็นป้อมปราการที่เข้มแข็งที่สุดสำหรับป้องกันอาณาจักร 

นอกจากสร้างปักกิ่งเป็นเมืองหลวงแห่งใหม่แล้ว จักรพรรดิหย่งเล่อยังมีรับสั่งให้ระดมบรรดานักปราชญ์ และราชบัณฑิตทั้งสิ้นถึงกว่าสองพันคน    เพื่อจัดทำตำราว่าด้วยวิชาความรู้แขนงต่างๆ ทั้งหมดของจีนตั้งแต่อดีตมาจนถึงสมัยต้นราชวงศ์หมิง  สารานุกรมชุดมหึมานี้มีความยาวมาก   คิดเป็นขนาดหนังสือถึงกว่า 22,000 ม้วล  บรรจุตัวหนังสือทั้งสิ้นถึงกว่า 300 ล้านตัวอักษรจีน  ใช้เวลาในการจัดทำไม่ต่ำกว่า 5 ปี   นับว่าเป็นหนังสือที่มีการอ้างอิงที่ใหญ่ยิ่งที่สุดของโลกในสมัยนั้น  จากความใหญ่และความหนาของสารานุกรมชุดนี้ จึงยังไม่อาจจัดพิมพ์ได้  มีแต่ต้นฉบับหนึ่งชุด และสำเนาอีกสองชุดเท่านั้น  ภายหลังสูญหายไปเป็นส่วนใหญ่  คงเหลือเพียง 300 กว่าม้วลเท่านั้น

จักรพรรดิหย่งเล่อสิ้นพระชนม์ใน ค.ศ.1424    จูเกาจือ ราชโอรสผู้เป็นรัชทายาทได้ขึ้นครองราชย์สืบต่อจากพระราชบิดา โดยมีชื่อรัชสมัยว่า หงซี   ขณะขึ้นครองราชย์นั้น จักรพรรดิหงซีมีพระชนมายุได้ 46 พรรษา       โดยที่ทรงเป็นสานุศิษย์ลัทธิขงจื๊อ จักรพรรดิหงซีจึงได้ริเริ่มนโยบายที่ตรงกันข้ามกับพระราชบิดาหลาย ๆ ประการ เช่น  ทรงอภัยโทษแก่ขุนนางเก่าที่เคยถูกจักรพรรดิหย่งเล่อจับเข้าคุก  เพราะขุนนางพวกนี้ไม่เห็นด้วยกับจักรพรรดิหย่งเล่อทำสงครามแย่งราชสมบัติจากหลานชายที่เป็นรัชทายาทโดยชอบ    จักรพรรดิหงซี ยังรับสั่งให้เตรียมการย้ายเมืองหลวงจากปักกิ่งกลับไปที่หนานจิงด้วย  แต่โชคร้ายที่จักรพรรดิหงซีประชวร  แล้วสิ้นพระชนม์ลงโดยกะทันหัน  หลังขึ้นครองราชย์ยังไม่ถึงปี  โอรสองค์หัวปีของจักรพรรดิหงซีจึงได้ขึ้นครองราชย์ โดยมีชื่อรัชสมัยว่า ซวนเต๋อ 

จักรพรรดิซวนเต๋อ ทรงเป็นกษัตริย์ที่มีพระทัยอ่อน  แม้ว่าตอนต้นรัชกาลของพระองค์จะเกิดกบฏที่นำโดยพระปิตุลาของพระองค์  ซึ่งสามารถปราบได้โดยง่าย   แต่พระองค์เองก็ไม่ได้ลงโทษพระปิตุลาอย่างเฉียบขาดแต่อย่างใด   

จักรพรรดิซวนเต๋อเป็นนักปกครองที่ดีพระองค์หนึ่ง  แต่ก็ได้สิ้นพระชนม์ไปหลังครองราชย์ได้เพียง 10 ปี ราชโอรสของพระองค์จึงได้ขึ้นครองราชย์ เมื่อทรงมีพระชนมายุเพียง 7 พรรษาเท่านั้น  โดยมีชื่อรัชสมัยว่า  เจิ้งถ่ง   พระองค์ได้ครองราชย์อยู่ 13 ปี แล้วถูกกองทัพชนเผ่ามองโกลจับตัวไประหว่างการสู้รบ  ภายหลังพระองค์ได้อิสรภาพแล้วกลับมาขึ้นครองราชย์อีกครั้งหนึ่ง   โดยใช้ชื่อรัชสมัยว่า เทียนซุ่น  นับแต่นั้นมา  ราชวงศ์หมิงก็เริ่มเสื่อมทรามลง  

ในยามที่ราชวงศ์หมิงเสื่อมทรามลงเรื่อยๆ   ชนเผ่าแมนจูที่อยู่ทางภาคตะวันออกเฉียงเหนือของอาณาจักรแห่งราชวงศ์หมิงกำลังเข้มแข็งขึ้นเรื่อยๆ      จนสามารถพิชิตดินแดนภาคเหนือของราชวงศ์หมิงได้ แล้วสถาปนาอาณาจักรของตนขึ้น เรียกว่า “จิน”